A prestação de contas, com a quitação das obrigações previstas no termo de convênio ou contrato, também deve ser cadastrada no Mercúrio, dentro do prazo previsto. A medida visa evitar que a inadimplência de qualquer Unidade com um convenente (como uma agência de fomento, o CNPq, por exemplo) venha a prejudicar outras Unidades na obtenção de financiamentos, uma vez que facilita a identificação da Unidade inadimplente e a solução do problema.
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